方舟子在轉基因問題上的十大謊言：
謊言之一：轉基因大米中不含Bt蛋白
謊言之二：Bt蛋白是沒毒的
謊言之三：基因不會轉到人體細胞
謊言之四：種植轉基因作物可以減少農藥使用
謊言之五：美國人大量地吃轉基因食物
謊言之六：權威機構認為轉基因食品是安全的
謊言之七：我國的轉基因審批是偏嚴的
謊言之八：科學界從來沒有說DDT、瘦肉精是安全的
謊言之九：轉基因玉米更有益健康
謊言之十：普茲泰的小白鼠實驗結論不成立
方舟子還說：偏見不僅僅源于無知，而且還會導致無知
《新世紀周刊》：署名張宏良的文章《廣西抽檢男生一半精液異常，傳言早已種植轉基因玉米》，網文用聳人聽聞的標題、極富夸張色彩的語言，迎合了公眾對轉基因業已存在的誤解和恐懼情緒，愈發讓人把轉基因技術視為洪水猛獸。
《三聯生活周刊》土摩托：據說有個左派網站叫做“烏有之鄉”，整天罵美帝國主義。可我去了IRRI才知道，真正幫助發展中國家窮人的，還就是美帝國主義。
土摩托：綠色和平組織和少數專家學者站出來充當了老百姓的意見領袖，對轉基因農業的服務對象和服務效率都提出了質疑，聲稱轉基因技術是大公司賺錢的工具，其潛在危害尚未可知。
中國農科院一位要求匿名的專家說，現在老百姓對轉基因安全的疑問這么大，農業部、轉基因專家為什么不拿出實驗數據？公開實驗結果？對于國際上宣傳的那些錯誤說法，比如各種各樣的證明所謂轉基因食品不安全的實驗證據，科學家、農業部要正面反駁，把老百姓的疑問解釋清楚。但“在這方面，專家和農業部官員做得很差。”這位專家說。《經濟觀察報》：《湖南轉基因水稻非法稻種私下流轉 公眾莫名恐慌》[2010年05月22日 09:52]
農業部基因生物安全委員會三名委員近期做客人民網時，則批評媒體和公眾的負面輿論，阻礙了轉基因作物的商業化進程。他們宣傳的轉基因水稻的兩個好處，一是減少農藥用量，二是會增加產量。
農科院研究所所長林敏：“迄今尚未發生具有科學實證的轉基因食用和環境安全問題”，所謂轉基因技術可以“實現更為精準、快速、可控的基因重組和轉移”
林敏：轉基因古已有之，自然界隨處可見。林敏舉例，一棵樹長瘤子，是由于農桿菌轉基因造成的，勞動人民在很早的時候就利用了這種轉基因現象。
轉基因科學家賈士榮回答：“列寧說過，一個愚蠢的人提的問題，100個聰明人也回答不了。”
賈士榮是中國農科院生物技術所研究員，他的一個轉基因水稻正在參與商業化種植申請。他反駁說：“我想請教那些反對者，他如何回答幾十年以后的事情？科學在現有的水平上認為是安全的，就是安全的。科學是動態的，說不清幾十年后的事情。但如果以后出現了問題，科學會解決它。”
他舉了個例子：這就像汽車剛發明的時候，歐洲有個國家認為汽車速度太快，不安全，于是立法禁止。但汽車照樣出現了，而且成為人們的主要交通工具。回過頭來看，那樣的立法就是愚蠢的。
中科院院士陳曉亞：目前沒有任何證據表明現已批準的轉基因食品對人畜不安全
各大媒體普遍對轉基因水稻乃至所有轉基因作物的安全性發出質疑之聲。而處于風口浪尖上的兩個當事人——奧瑞金股份有限公司董事長韓庚辰以及華中農業大學張啟發教授在接受《英才》記者采訪時均表示：由于一些機構和媒體的誤導與炒作，使得消費者已經對轉基因作物產業化和轉基因食品安全的認知及心理狀態產生了很大的負面影響。
“中國的轉基因搞成這樣，媒體有很大責任。”韓庚辰向《英才》記者抱怨道。
張啟發對《英才》記者表示，水稻有4萬多個基因，其帶領的科研團隊所轉入的只有一個基因，它只賦予水稻抗蟲的功能，并沒有、也不會改變水稻基因的其他功能。在人食用水稻的胚乳（即大米）中，該抗蟲基因產物含量極低，只在害蟲食用的水稻莖葉中顯著表達。人類攝入食物的基因不會改變人的基因。
張啟發還強調，食品、飲用水等相關國家標準中，對人體無毒的B t蛋白在轉基因大米中的含量，比國家標準規定的食品中的亞硝酸鹽含量還低。亞硝酸鹽是實驗證明的中度毒性、高度致癌性物質。擔憂VS趨勢從1996年到現在，已有25個國家批準了24種轉基因作物商業化種植。
在持續出現的質疑聲中，轉基因水稻安全證書的獲得者——華中農業大學教授張啟發一改低調，在1月6日宣布，“轉基因水稻最遲5年內走上中國人的餐桌”。
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