生態系統質量，指的是生態系統的健康狀態，這種狀態表現為生態系統自我維持與抗干擾能力的大小。健康的生態系統具有良好的結構即生產者、消費者與分解者，有較高的生產力，能夠發揮生態系統的多種功能，如生物多樣性維護、水土保持、食物供應、氣候調節、水循環等。高質量的生態系統中沒有廢物，元素循環與能量流動均能夠正常進行。一般地，評價生態系統質量需要一些人為選擇的指標，這些指標反映生態系統的內涵及特征。對于所有生態系統類型，通用的生態系統質量評估指標一般包括：
①生物物種：即植物、動物、微生物的種類和數量，及空間分布格局等。物種是生態系統的核心成分，不同物種相互關聯，有競爭也有合作，共同維護生態系統運作，即能量流動與元素循環。
②大氣質量：包括大氣背景值;降雨、降雪pH值、空氣污染物濃度等。大氣是生態系統的氣體成分，可為光合作用與固氮作用提供原料，同時提供水、熱等資源，大氣清潔度與正常流動是生態系統健康的重要標志。全球氣候變暖就是由于大氣中的二氧化碳等溫室氣體濃度升高而引起的。
③土壤質量：土壤承載著植被;很多底棲物種在土壤中生存;生態系統中的元素地球化學循環也重要發生在土壤圈內。土壤類型，土壤元素背景值，土壤質量(肥力、水分、質地、厚度)等都是土壤質量的重要指標。
④水分質量：生態系統中的水分包括淡水與海水(構成海洋生態系統的主體)兩大類，一般陸地生態系統中的水以地表水狀況、地下水狀況為主，淡水中分布魚類、兩棲類，鳥獸類的飲用水也來自生態系統。人類不合理的經濟活動首先引起陸地水污染，質量嚴重下降，其次是造成海洋污染如赤潮、白色污染等。
⑤氣候要素：年降水量;降水分步均勻度;災害性天氣日數;無霜期;蒸發量;常年風速等構成生態系統的氣候因素，這些指標均與生態系統質量有關。
⑥環境質量：環境指標是針對人類利用生態系統資源而定義的，一般將綠色植被覆蓋率、人均綠地面積、資源和環境保護程度、土地資源土地總面積;森林面積;草原面積;農田面積;可利用水域面積;可利用山地丘陵面積;可利用灘涂面積;可利用濕地面積;水資源總量、可利用水資源量等列為生態系統中的環境質量指標。
除了上述自然生態系統質量，還有兩大類生態系統質量出現了發展問題，必須引起高度重視。它們均以人工生態系統為主。
農業生態系統質量：農業與城市生態系統與人類活動密切相關。近一個世紀以來，農業生態系統由于大量采用工業化辦法，出現了嚴重的耕地質量下降;農業生物多樣性下降或消失，突出表現在天敵和授粉昆蟲減少;人類培育了上萬年的作物或動物優良遺傳基因喪失;大量農藥、化肥、地膜使用造成耕地污染，直接導致人類食物鏈污染。當今中國經濟社會和諧發展，必須充分考慮到農業生態系統質量。針對我國農田生態系統退化問題，中央指示要嚴格保護耕地，擴大輪作休耕試點，健全耕地草原森林河流湖泊休養生息制度。采取生態農業辦法修復退化的農田生態系統，維持較高的生產力與健康安全的食物多樣性，是農業生態系統質量研究的重要內容。
城市生態系統質量：城市生態系統也屬于人工生態系統，是在自然生態系統或農田基礎上建立的人工生態系統。如果沒有人為因素，它的抵抗力穩定性和恢復力穩定性都比較脆弱。增加物種數量和營養結構的復雜程度，可提高城市生態系統抵抗力與穩定性。當前，城市生態系統質量提升的重點在于增加城市生物多樣性，減少硬化空間，發展海綿城市，加大城市代謝途徑研究。城市垃圾尤其可降解生活垃圾轉變有機肥，可為農業生態系統提供大量的有機肥，從源頭減少礦山開采壓力。城市發展好了，可以提升自然生態系統恢復潛力，并促進農業生態系統質量提升。
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