1998年秋，蘇格蘭Rowett研究所的普茲泰教授（Pusztai）就在電視上公開宣稱，他的實驗證明，實驗鼠腎臟、胸腺和脾臟生長異常或萎縮或生長不當，腦部萎縮，多個重要器官也遭到破壞，免疫系統變弱。

    1999年，美國康奈爾大學的研究者John Losey在英國《自然》雜志上發表報告，用涂有轉Bt基因玉米花粉的葉片喂養斑蝶，導致44%的幼蟲死亡。

    1997-1998年，英國等實驗分析發現轉基因食品導致某些動物健康異常和種植區域出現異常。英國政府資助的研究顯示，食用了轉基因土豆的老鼠出現了肝臟癌癥早期癥狀、睪丸發育不全、免疫系統和神經系統部分萎縮等異常現象。

    1998年，歐盟國家通過法律，把轉基因農產品作業嚴格限制在實驗室環境或封閉區域之內。　　

    2004年先正達研發的轉基因Bt-176玉米爆發丑聞，德國黑森州北部農民從1997年開始試種Bt-176玉米，并用作奶牛的補充飼料，2000年當農民開始提高該玉米在飼料中的比例后，所有的牛都死了。2004年瑞士聯邦技術研究院踢球植物學研究所海爾比克教授發現，Bt-176中的用來毒殺歐洲玉米螟的Bt毒素，無法分解，最終毒死了奶牛。

    2005年5月22日，英國《獨立報》又披露了知名生物技術公司“孟山都”的一份報告，以轉基因食品喂養的老鼠出現器官變異和血液成份改變的現象。

    2005年11月16日，澳大利亞聯邦科學與工業研究組織（CSIRO）發表的一篇研究報告顯示，一項持續4個星期的實驗表明，被喂食了轉基因豌豆的小白鼠的肺部產生了炎癥，小白鼠發生過敏反應，并對其他過敏原更加敏感，并據此叫停了歷時10年、耗資300萬美元的轉基因項目。

    2006年，俄羅斯科學院高級神經活動和神經生理研究所科學家伊琳娜?艾爾馬科娃博士研究發現，食用轉基因大豆食物的老鼠，其幼鼠一半以上在出生后頭三個星期死亡，是沒有食用轉基因大豆老鼠死亡率的6倍。

    2007年，在奧地利政府的資助下，澤特克教授及其研究小組對孟都山公司研發的“轉基因玉米NK603（抗除草劑）和轉基因玉米MON810（Bt抗蟲）的雜交品種”進行了實驗。在經過長達20周的觀察之后，發現轉基因產品影響了小鼠的生殖能力。

    意大利的科學家在2008年做了一個長期實驗。他們用抗草甘膦轉基因大豆喂養雌性小鼠長達24個月，結果發現食用GM大豆的雌性小鼠肝臟出現異常。

    2007年10月和11月，美國《紐約時報》等媒體報道，經過長期周密跟蹤觀察，發現有兩種轉基因玉米種植導致傷害蝴蝶生存，對生態環境安全的威脅程度已經超出可接受水平。為此，歐盟已經做出了初步決定、禁止該轉基因玉米的種子銷售使用。

    2007年，法國科學家證實，孟山都公司出產的一種轉基因玉米對人體肝臟和腎臟具有毒性。

    2008年，美國科學家也證實了長時間喂食轉基因玉米，小白鼠的免疫系統會受到損害，該研究成果發表在同年《農業與食品化學》雜志上。