人類出現以來，人們對于精神問題一直陷入困惑中。初始的人類受其低下的認識水平的制約，只好將精神訴諸于超自然的領域中，以萬物有靈或者宗教將精神對象化于無限高于自己的崇拜中。文明時代以降，人類認識水平有所提高，便企圖將精神進行客體化研究，然而仍然沒有從根本上解決問題。物質本原論者的最高研究水平所得出的結論是：精神是人腦的機能。但對這種機能究竟是什么以及精神如何發生的基本層面都沒有搞清楚，所以只好局限于精神現象的研究。而精神本原論者則繼續對象化于高于自己的無限崇拜中，或毫無實證地構筑龐大的形而上學體系來誘惑人們的崇信，其研究結論更是無法讓人們從實證角度上讓人們信服。更有許多人感到無法解決這個問題，所以只好束之高閣，干脆存而不論。
上述現象之所以出現主要是因受其當下認識水平和認識工具的制約，而今歷史已經進入了21世紀的信息時代，信息理論和技術引領著人類認識水平有了巨大的提高。這樣，時代便賦予了合理揭開因宇宙演化而誕生的精神之迷以很好的時機。
一 原初物質的被動反應性是精神產生的潛在力量
一百四十億年前，實在宇宙因大爆炸而誕生。實在宇宙最初的物質是彼此獨立的基本粒子，而后，隨著宇宙溫度的降低，這些基本粒子開始相互聚合而形成氫、氦等簡單原子，并在此基礎上聚合形成越來越大的團聚體——星云、恒星、恒星系統。這樣，彼此獨立的基本粒子及其聚合而形成團聚體共同構成了宇宙最原始的原初物質。這種以氫、氦等簡單實在原子及其聚合而形成的恒星及恒星系統構成了原初物質的第一階段。原初物質在此階段的信息是單向化的，它缺少自組織結構，因此，它只能被動地承接其它信息的作用而呈現被動反應性，并因這種作用而被動地調整自己的信息組合方式和結構。原初物質的這種被動反應性并非僅僅造成死寂的世界，它也賦予了物質世界一種活力，使物質世界產生各種各樣的相互作用，物質世界因此而呈現千變萬化的多向性狀態，這是物質世界不斷走向復雜化高級化的一種潛在因素，宇宙因此而獲得了不斷演化的動力并因此而最終生成精神。因此，原初物質的被動反應性是精神產生的潛在力量。
由于物質的反應性，原初物質的這種被動狀態必將被宇宙的演化方向所突破。隨著宇宙溫度的進一步降低，氫、氦等簡單原初物質開始進一步結合為更大質量的新物質——分子。分子的誕生是個里程碑，因為這意味著宏觀物質世界的真正開始，宇宙從此有了豐富多彩的意義，原初物質因此而發展到了第二階段。
分子的信息不是單在的，它是在單在的信息聚合而成的實體的基礎上形成的，因此，它是個復雜的初在。這個在體雖然復雜，但是卻相對不穩定，它很容易改變自己的結合方式，高溫下容易分解，常溫下又會可能與其它物質化合，這就是無機物的特點。但是，正是因為無機物的這種容易化合的特點，他們才有可能更多地聚合在一起，并最終會通過萬有引力而形成更大的在體——行星。行星是原初物質中的最大聚合體，它的形成為無機物的相互作用和化合提供了廣闊的平臺，在此種復雜的信息集合體中，物質的錯綜交雜必然會演化出更加復雜的在體。此時，物質開始有了更加復雜的結構，物質之間的反應方式也開始向復雜化多樣化發展，宇宙開始被賦予更多的靈活性并因此而加速而其演化速度。這種演化的結果會使物質結構進一步復雜化，而最終演化為具有自組織結構的物體，該物體會因信息的組成復雜而具有相對的穩定性和適調性。于是，初在發展到了更加高級的階段——有機體。
二 有機體的適應性孕育著精神的形成
有機體在其組成上必然高于原初物質的簡單構成，它應該具有復雜的自組織結構，而復雜的組成意味著該種物質應該是數量眾多的化合物即高分子化合物，而在已知的元素中，炭是最具備這一條件的。從化學角度分析，炭原子最外層有4個電子，既不容易失去也不容易得到電子，故相對穩定，但是卻有利于每個炭原子與其它原子形成穩定的4個共價鍵，而且炭原子之間也可以形成共價鍵，既可以形成單鍵，還可以形成雙鍵和三鍵；多外炭原子可以結合長長的炭鏈，也可以形成炭環，這樣就為形成大分子提供了條件。炭族還有硅(Si)、鍺(Ge)、錫(Sn)、鉛(Pb)等元素，它們原子的最外電子層上也都有4個電子，在這些元素中硅(Si)的分布較廣，但是在常溫下，硅的化學性質太不活潑，除氟氣、氫氟酸和強堿外，硅不跟其他物質起反應；另外，它很難像炭原子一樣形成多種價鍵，故難以形成大分子。基本粒子難以聚合成大原子量物質，故其它原子量較重的炭族元素在自然界中分布相對較少，更難以形成大的分子。這樣，得天獨厚的條件使炭原子易形成在自己引領下的自組織，而這就是有機化合物。按照從簡單到復雜，有機體的形成主要經過兩個階段：有機小分子的形成階段和有機大分子的形成階段。
在地球早期，有機小分子是溶于水中的無機物通過吸收地球表面的紫外線、閃電等能量而形成的。有機體的自組織是在炭原子的引領下形成的，這種自組織在自然界中依據炭信息所能接受的信息源狀態而聚合成種類繁多的有機大分子。由于炭的結構特點，使其具有無限構成性，故它可以與外在原子有機聚合成結構越來越復雜的大分子，這種大分子是在炭原子信息與周圍信息源的不斷交互過程中實現的，這個交互過程所不斷形成的大分子應該具有越來越維護自組織的特點來，也就是說，它所不斷形成的有機大分子就會越來越不易分解，這樣，不斷形成的有機物在其對外作用方式上不僅已超越了初在物質的反應性，且已經隨著有機物的越來越復雜而呈現出越來越明顯的適應性。
適應性是大自然進化的極其光輝的一環，分子及高于分子的物質會通過適應性而能隨著環境的改變不斷調整自己的結構和成份，而這種調整是有機的，調整后的物質存在應該更具備活力和穩定性。原初物質也是能夠隨著環境而改變自己，但是它的這種改變往往意味只進行著簡單的分解和重組。而適應已經不是物質自身的本性，它應該是復雜物質所形成的類似于電腦指令程序的簡單類程序，這種類程序盡管還不能像真正的程序一樣具有指令功能，但是它會引領著有機物演化成更加高級的有機大分子并導致生命的主體程序最終誕生。類程序是物質內化的萌芽，也是宇宙精神的萌芽，這是宇宙演化關鍵所在，萌芽的內化意味著生命體的即將誕生。蛋白質、核苷酸等物質就是扮演著這種關鍵角色。
三、生命主體程序的出現意味著精神的誕生
在形成生命大分子的過程中，核酸及蛋白質的合成具有特別重要的意義。蛋白質的合成需核酸的信息(指令)，核酸的合成又需要蛋白質(酶)催化，這一過程是在原始地球的條件下形成的。
蛋白質是由不同氨基酸按一定順序通過肽鍵連接而成的肽構成的。氨基酸序列就是蛋白質的一級結構，它決定著蛋白質的空間結構和生物功能。蛋白質是一類含氮的生物高分子，分子量大，結構復雜。例如，血紅蛋白的分子式是C3032H4816O812N780S8Fe4。蛋白質的結構如此復雜，正是說明了蛋白質的形成應該是處于類程序的引領下通過逐漸演化形成的，如若不是如此，僅僅靠分子偶然相遇和苛刻的物理條件是不可能做到的，因為這種機遇幾乎等于0。不過，通過自組織所形成的蛋白質雖具有蛋白質的組成成分，但是在缺少核酸的情況下，它是無法做到自我復制的，因此，該種蛋白質還不具備生物體內蛋白質的許多功能，我們可稱之為類蛋白質，但是這種類蛋白質的自組織程序功能已經非常接近程序的指令了，它離程序的形成僅一步之遙了。當類蛋白質的類程序已接近于指令程序時，它并不滿足于現狀，它會通過多種途徑使自己質躍為程序指令。這樣，在機遇的光顧下，類蛋白質的類程序終于遇到了一種特殊的物質——核苷酸。核苷酸鏈是由核苷和磷酸組成的，在氨基酸組合而成的肽鏈所形成的力場的作用下，脫氧核苷酸中的四種堿基核苷酸——腺嘌呤（A）、胸腺嘧啶（T）、鳥嘌呤（G）和胞嘧啶（C）會組裝出長長的核苷酸鏈，由于這種核苷酸鏈是在類程序的引領下形成的，因此，核苷酸鏈中的堿基配對就有可能標識蛋白質中的相應信息，這種信息的準確性會隨著時間的推移以及核苷酸鏈與蛋白質鏈中的信息的交互作用而逐步增強，最終使核苷酸鏈成為類蛋白質鏈的標識碼（見上圖），此時，這樣，發生于類蛋白質和核苷酸上類程序，就發生了本質性的變化，類蛋白質自組織中的類程序就質躍為核苷酸鏈上的程序指令。此時，蛋白質和核酸已經通過程序化的對應關系形成了一種逐漸穩定的互補綁定關系，真正生命意義的蛋白質和核酸就產生了。
RNA指令蛋白質合成過程的建立是在進化早期形成的。氨基酸或核苷酸在開始聚合時，其順序完全是隨機的，但一旦形成了第一個聚合物(核酸尤其如此)，這個聚合物即可影響其它聚合物的生成。核酸本身互補的化學特性(物質本身的性質)將起很大作用。例如，如果首先聚合成一條核酸鏈為A-A-A……，這條鏈將作為模板影響以后核酸鏈的合成，即U-U-U……將比其它核苷酸鏈更易生成。在原始海洋中核酸的合成雖無生物催化劑，但無機催化劑是存在的，因此核酸的聚合與復制在原始海洋中是具備條件的。在最初形成的多核苷酸自我復制過程中可能會出現錯誤，通過多次復制及錯誤，可能生成與最初樣板完全不同的多核苷酸鏈。這些多核苷酸(RNA)由于其核苷酸順序不同， 分子內的堿基互補所生成的立體結構也不相同，立體結構不同將導致各種RNA 復制的難易程度和穩定程度不同，在實驗室中已看到在某一條件下那些易于復制并且穩定的RNA將成為優勢的種類。多肽也是在氨基酸隨機的結合中形成的，RNA如遇到適于本身復制的蛋白質(酶)，則此種RNA將是“強者”。因此，RNA的種類將受到自然選擇的作用。在自然選擇過程中，通過競爭占優勢的種類復制速度快、復制準確，且產品穩定。根據外界的條件，某些RNA將在其所攜帶的信息及功能上占優勢。另外，氨基酸隨機聚合而成的某些多肽也具有催化作用，而某種蛋白質也可能催化某種RNA的復制，如果某種RNA能指令合成可催化自身復制的蛋白質，這種RNA在自然選擇中將是強者。
蛋白質和核酸產生后，它們也業已形成了維持其存在的一致傾向性，這種維持其存在的一致傾向性使其呈現了一種不同于自在的生存性即生命主體性。這樣，通過物質的反應性和適應性（類程序）兩個階段，大自然終于進化成具有程序指令的主體程序及其自主組織了，主體和作為主體性存在的生命同時得以誕生，宇宙由此誕生精神。主體性表現為程序指令性，主體的實質就是指令生命體進行自主自動運作的程序即主體程序，主體程序運作過程對外彰顯為精神性，因此，精神的實質也就是主體程序。這樣，主體、主體程序、精神具有實質上的一致性，他們均是宇宙長期演化到蛋白質和核酸階段后，由量變而最終質躍進的必然結果。
宇宙演化賦予生命所形成的的程序與目前水平計算機程序具有一定的相似性，它們實質上都是指令程序，但是指令的組成方式和功能具有具有很大差別，生命程序具有主體性，是主體程序；而目前的計算機程序還僅僅是人工設計的被動程序，則還不具備主體性能。生命的指令程序從一開始就是主體的,否則,他無法運行程序,這一點使其大大超過了現階段的計算機，生命的指令程序僅在運行速度上低于計算機。生命的指令程序之所以是主體的,根源于他的無奈,他只能從自然的演化中形成并在自然的演化中造就自己的主體性。
生命的本質是我，但在人類“自我”視野中，我是迄今為止最不可思議的存在，我如何從一個只具被動性的死寂世界中脫穎而出，而成為一個具有自主組織的充滿活力的在體？這是一個僅用自然規律難以解釋的問題，但是用信息理論卻可以迎刃而解。我是個主體概念，他的本性是自私的，即他具有維護自身生存和利益的本質傾向。自私是程序主體的本質特征，自私是宇宙演化最具光環的一面，由于自私，使作為自私主體的生存具備了一定的條件，這為自組織的演化的加速進行提供了充分的保障。我開啟了宇宙的內化，并使最為主體程序的內化逐漸凸顯。這樣，自此后，宇宙就在內化（主體程序的內在演化）和外化（生命的外在進化）雙重作用下，展開了它迄今為止最為絢麗多姿的演化進程。
我作為一種主體程序不能獨立存在，他必須與實在相結合才能成為我之所以為我，這種實在顯然已經明顯區別于自然存在之實在，因為他有了主體。這種主體性主要體現在三個方面：1、功能性，構筑了自動獲取能量的功能體系；2、生存性，主體具有維持自己生存的本能，會通過適應環境自行進行有利于自己的調節，這主要表現在對外界的適用性調節上，如刺激調節、安保調節、生長調節、活動調節等；3、繁衍性，主體能通過基因遺傳的方式復制自己的程序片段以體現主體我的延伸。主體的上述三個方面通過其程序體現出來的，程序性是主體的實質，沒有程序就無法體現主體性，但程序只是主體這之所以為主體的必要條件而不是充分條件，要判斷一種程序是否能成為為主體，關鍵在于其是否具備上述三個特征。因此，目前的電腦程序還遠不具備主體性，這需要電腦軟件的飛速發展才能逐漸逼近主體性和智能性。
主體的上述三個特征就足以說明生命我對自在的完全超越性，他是一種不同于自在的在體，故稱之為我在。作為主體程序的我顯然是宇宙演化過程中自發地形成的，因此，我便是一種自發的主體程序，而我在則是這種自發主體程序的載體，我們又可稱之為生命體。精神基于主體程序的形成而誕生后，處于初級階段的生命體由于其主體程序相對簡單，還不足以感知其精神活動而不能形成心理活動，此時的精神活動還只能主要表現為生命體的本能需求，生命體還需要不斷完善的進化。
四、生命體的演化促進精神不斷走向高級并最終導致心理活動出現
在生命體的發展歷程中，作為精神內核的自發的主體程序展現了自主程序、主動程序、自為程序、自覺程序等四個階段，前兩個階段屬于主體程序的初級階段，是本我的形成與發展階段；后兩個階段屬于主體程序的高級階段，是自我的形成與發展階段。宇宙在上述四個階段中充分展現出其主體精神由簡單到復雜的演進過程，他們均以生命體作為其存在和發展的載體。
1、在生命體的自主程序階段，精神活動僅僅處在萌芽狀態。在生命體的自主程序階段，生命體的發展歷經生命初體（自主程序的初級階段）、神經體（自主程序的高級階段）兩個階段階段，其中生命初體又分為單細胞生物和多細胞生物兩個階段。作為自主程序初級階段的生命初體的發展是個極其艱難的緩慢過程，在第一個細胞誕生后，宇宙又歷經了29億年才于6億年前演化出第一個多細胞生命體。這個過程如此漫長，充分說明了細胞之間合作的復雜性和重要性。多細胞生物的出現具有非常重大的意義，他開啟了生命向復雜生命演化的先河，意味著生命進化不斷由低級到高級的可能性。多細胞生物同樣展現了物質由簡單到復雜的正向演化過程，多細胞的組織和器官就是這種進化的必然結果。多細胞有機體的基本生命活動仍在細胞中，形成多種生活方式的目的在于更好地進行代謝與繁殖。在程序學上，多細胞生物可以看成多臺超級計算機的結合，在這個有機體內，單個細胞程序不再單獨發揮作用，每個細胞的程序在相互影響，他們會采取協調一致的方法共同解決機體內部的問題。這樣，單個細胞的程序必然會超出己身而聯合形成整個有機體的統一程序，如此，才更能體現生命的主體性。但在神經系統出現之前，這種細胞合作還是初級的，因為他們的自組織還缺少一種高效的信息傳遞方式，程序引領僅會作自身組織內部的調整，這使他們在應變能力和維護自身利益能力方面還相對不足。因此，生命體的演化又進入到自主程序的高級階段——神經體階段。
生命初體賦予我以更強的功能，使我在發展到了神經體階段，作為主體程序也開始由自主程序的初級階段發展到自主程序的高級階段。神經體是以神經細胞組合而成的神經網絡為主導的我在，是感覺的存在方式，感覺是高于生命初體的自組織程序的更為高級的程序存在，它會統領自組織作更大地調整甚至是使自身發生位移。神經細胞的形成是出于生命完善自身功能的需要。單細胞動物和初級多細胞動物在受到周圍環境刺激時會發生位置上的移動，但這種移動是缺少感受性的盲目，為了有效地控制這種盲動，生命初體中的部分普通細胞便分化出能感受環境并能控制自組織運動的細胞來，這就是神經細胞。神經細胞只能起源于多細胞動物。
神經體（見左圖）主指（生物學上）還沒有形成中樞神經系統的無脊椎動物。無脊椎動物是動物類群中比較低等的類群，它是與脊推動物相對應的一類，最明顯的特征是不具有脊椎骨。包括海棉動物、腔腸動物、扁形動物、線形動物、環節動物、軟件動物、節肢動物、棘皮動物等類群。
神經細胞是神經組織的基本單位，又稱神經元。神經元的功能是接受某些形式的信號并對之做出反應、傳導興奮、處理并儲存信息以及發生細胞之間的聯結等。由于神經元的這些功能，動物才能對環境的變化做出快速整合性的反應。在系統發生上，自腔腸動物開始有神經細胞，至高等動物神經元的數目越來越多，神經系統也更為復雜。神經元的形態多種多樣，但都可分為胞體和突起兩部分。胞體的大小差異很大，突起的形態、數量和長短也很不相同。神經元突起又分樹突和軸突兩種。神經細胞的復雜性由此可見一斑，但神經細胞構成上的復雜性并非多余，而完全是基于我在進化發展的功能性需要，正是由于這種復雜性才使我在的主體性被進一步彰顯，才使我在越來越自立于自然界。神經細胞的出現使生命的本我被賦予了新的生機，自主程序發展到了高級階段，但此時的我在仍然還不能充分展示自我，此時的神經體還僅僅是向生命體更高階段發展的一個中間。
通過對神經體的分析可以明顯地看出，相互鏈接的神經系統對其機體的統領效果應該是遠大于沒有神經系統的生命初體的，這對其生命的不斷進化有著深遠的意義。而從神經體的一般活動可以看出，神經活動盡管極其復雜，但仍然有機理可循，而明顯地呈現出信息的程序化特征。神經體在信息的處理上不僅具有細胞之間的協同合作功能，而且由于神經系統的作用，使這種協同合作有可能達到優化的效果。程序也不再是固定不變的模式，它會被神經系統加工改造而合理化。但神經體也存在明顯的不足，它的神經系統由于缺少統一的指揮中心——中樞神經系統而不能對環境信息進行綜合處理，這對它自身的安全和成長仍然是不足的。神經體的神經系統相對分散而缺少集中，這使其在接受神經末梢的信號時，不能進行很好梳理，因而程序的指令往往是盲目的，就主體程序的發展來看，他僅處在自主程序發展的高級階段。他還不能夠主動地捕食，這對生物機體的自身安全和生存競爭是不利的。很顯然，精神于此階段僅僅處在萌芽狀態。所以，在環境信息及其機體程序的長期互相動中，無脊椎動物的神經組織逐漸有了向一個方向集中的趨勢。從扁形動物開始有神經結構的分化，其頭端出現了神經節。環節動物有明顯的頭部，頭神經節增大，是腦的最初雛形。神經節的出現應該是神經系統進化的關鍵一步，這意味著神經元將不再是一種散漫的分布狀態，他開始使神經元集中化、復雜化，這有利于對信息的集中處理。神經節的這種狀況會由于其功能的強大而加速這種進化過程，這樣，在相對不久的時期內，隨著進脊椎動物的出現，神經系統終于進化出中樞神經系統，腦體隨之出現。
2、腦體的主動程序使精神開始表現為心理活動。多細胞生物誕生后，由于生物生命體已經從基本層面上解決了生物發展多樣性和復雜性的問題，故其發展非常迅速，使生命體的發展出現了生物大爆炸現象。在多細胞于6億年前誕生后，僅僅經過0.7億年，生命體就迅速從多細胞生物經過神經體過渡到腦體階段。1999年，在5億3千萬年前的早寒武世澄江化石庫中發現“裸體”昆明魚和海口魚，標致著腦體的誕生。
腦體（上圖）同樣是具有神經體的特征和功能，但腦體明顯高于神經體，它是以中樞神經系統為主導的本我，生物學上又稱為脊椎動物。在無脊椎動物時代，由于神經系統相對簡單并且聯系疏松，程序只是對外界刺激的簡單回應，主體性只體現在程序的指令上，還無法對信息進行大量而集中的加工，因此，無脊椎動物不可能產生心理活動。心理活動只能在有了可以集中加工處理信息的中樞神經系統以后才有可能，其中大腦的活動是最關鍵的。生命進化到脊椎動物的腦體階段后，由于中樞神經系統的出現和引領，主體程序開始表現出其主動性特點來，生命的主體便開始進入到主動程序階段。
動物脊椎是腦體的主動性能的承載體，大腦是腦體出現的主要標志。脊椎動物屬于脊索動物亞門，因此具備脊索動物的共同特征。脊椎動物是數量最多、結構最復雜的生物進化體，其形態結構彼此懸殊，生活方式千差萬別。腦體以腦的出現為主要特征。這是一個從無脊椎動物長期演化的結果，腦體的形成首先需要神經的進一步完善。神經組織的演化經歷了初現神經組織的腔腸動物的網狀神經系統，再由分散的網狀神經系統階段進化為扁蟲的梯形、環節動物的鏈狀神經系統，進而到脊索動物出現中空的管狀神經系統，這是一個從無到有，從分散到集中，從簡單到復雜的演化歷程。管狀神經系統出現具有重大意義，因為在這樣的神經系統中，神經元更加集中分布在管中，神經傳導速度也更快。腦體并不是突變形成的，它需要神經細胞的預先集中過程，管狀神經系統恰好能滿足這一需求。在內在程序的約束下，管狀神經最終聚集成了脊索。脊索由柔軟而富有彈性的結締組織組成，脊索細胞內充滿半液態的胞質，外面包有細胞膜。脊索是一條縱貫軀體背部，在消化管之上、神經管之下并與之平行的一條索狀結構，起著支持身體作用的管帶狀神經體。脊索形成于無脊椎動物到脊椎動物過渡門類——有脊索的尾索動物門和脊索縱貫全身的頭索動物門身體內，他雖沒有形成大腦，但是為向大腦的過渡提供了前提，如頭索動物門就已經形成了腦泡。大腦的最終完全形成應該在脊椎動物出現的同時，但是由頭索動物到脊椎動物仍然需要一個過渡階段，因為大腦不可能是突變后一下子形成的，這需要腦泡的逐漸分化過程。在這個過程中，神經管前部首先膨大形成3個腦泡，即前腦、中腦和菱腦。以后，前腦進一步分化成端腦（大腦）和間腦，中腦不分化，菱腦分化為后腦（小腦）與延腦。腦以后的神經管發育成為脊髓。神經管中空的管腔在成體中仍保存下來，在腦中成為腦室，在脊髓中成為中央管。與此同時，柔軟的脊索逐漸被骨骼所保圍并形成脊椎，同時以大腦為主導的中樞神經系統也最終形成，神經系統第一次被區分為中樞神經系統和外周神經系統。這樣，脊椎動物即腦體作為一個新的門類開始了他另一個進化階段。
中樞神經系統的位置常在動物體的中軸，由明顯的腦神經節、神經索或腦和脊髓以及它們之間的連接成分組成。在中樞神經系統內，大量神經細胞聚集在一起，有機地構成網絡或回路。中樞神經系統是接受全身各處的傳入信息，經它整合加工后成為協調的運動性傳出，或者儲存在中樞神經系統內成為學習、記憶的神經基礎。中樞神經系統像是一部容器巨大的信息加工器，加工的結果可以出現反射活動、產生感覺或記憶。例如動物遇到傷害性的東西，會逃避躲開，這是一種反射動作。在這個反射動作中，傷害性刺激所引起的信息，傳入中樞，經過中樞的加工，再經運動神經傳出，引起了肌肉的活動。中樞神經系統接受傳入信息后，可以傳到腦的特定部位，產生感覺，這一點在人類是可以根據主觀的經驗明確地報告出來的，在動物或許也有同樣或類似的感受。有些感覺信息傳入中樞后，經過學習的過程，還可在中樞神經系統內留下痕跡，成為記憶。中樞神經系統在完成上述功能活動時，有一個非常重要的特征，即協調與整合。協調指整體作用中的各個作用結合成為和諧運動的過程；整合是指把單獨的、部分的活動變成為一個完整的活動過程。這種協調和整合作用恰其體現了其主導程序的指令性作用。在這里，輸出不再與輸入呈一對一的關系，可以是多個輸入，轉化成單個輸出，或者相反。這些活動都體現了中樞神經系統的協調與整合作用。如果從有機體與環境之間的相互關系來看，則中樞神經系統的功能可以歸納成兩類：主動作用與對抗作用。對抗作用就是對抗外界環境給予機體的刺激，力圖維持機體活動的原先狀態，在生理學上稱穩態性作用。這對保持機體生理狀態的相對穩定，對于各種生理正常功能的進行有著重要的意義。各種先天的反射性活動，基本上都是屬于這一類，如體溫調節反射，食物引起的胃腸活動反射等。另一類作用并非由明顯的外界刺激所引起而是由機體主動發動的，稱主動作用，這在高等動物尤為明顯，如貓向老鼠撲去，如人們隨意想發動某個動作等。在這兩種活動的基礎上還可經過學習，獲得新的行為。總之，在維持生命機體的活動過程中，中樞神經系統起到了中心樞紐的作用，引領著生命機體的生存與完善性發展。
中樞神經系統為信息的集中加工提供了場所，因此，動物進化到腦體時出現了重大變革，主體程序的復雜化開始有了質的飛躍。如果說，細胞的出現意味著主體程序的誕生的話，那么，腦體的出現則標志著主動程序的出現。主動程序的偉大意義在于，主體程序已經不僅僅是基于身體的協調而形成的程序，而是將主體程序升華為主體的一種相對高級的感受性——心理活動。這表現在兩個方面：心理活動的本身就是一個主動編程的過程，即程序不僅僅是生命自身的編碼組合，更重要的在于中樞神經系統會將這種編碼進行主動地組合形成更為高級的程序；機體會在本能的誘發下，通過主動程序主動地獲取營養和能量。動物的程序編碼是在機體信息與外界信息互動過程中通過自組織的優化而形成的，而這種信息的存在方式主要是感性具體的，也就是說：動物的心理活動主要是建立在第一信號系統的基礎上，它只有物種的經驗即無條件反射和個體的經驗即條件反射，而沒有社會經驗。
由此而知，動物腦的進化呈現出一個機能逐漸攀升的過程。無脊椎動物的“腦”并沒有發展到居于神經系統主導地位的程度。低等脊椎動物腦的機能還不突出，隨著動物的進化，腦也發展起來，到了鳥和哺乳動物，腦處于神經系統的主導地位。腦的變化以大腦、小腦最顯著，小腦是從菱腦分化出來的；大腦是從前腦分化出來的。在進化的歷程中，小腦逐漸發展；大腦大為發達成為進化的主流；中腦變化不大，相對體積減小，重要性降低。大腦最初只是一對平滑的突起，和脊髓一樣，灰質位于內部。嗅葉的感覺神經元經過大腦與后面的神經元聯系，大腦本身的協調作用不顯著。現代魚的大腦基本上處于這一階段。兩棲動物從古代魚發展而來，大腦中的灰質增多，其中的突觸數量也大為增加，看來它可以對從嗅感受器傳來的沖動和其它感受器傳來的沖動加以協調、整合。從兩棲動物開始，原來位于大腦內部的灰質逐漸向外轉移，最后覆蓋在大腦表面，形成大腦皮層。兩棲動物和許多爬行動物大腦的機能仍舊是以嗅覺為主。在高等爬行動物的大腦部分出現了新腦皮層，哺乳動物是從這類爬行動物進化而來的，原腦皮、古腦皮縮小，新腦皮層有更大的發展。在低等哺乳動物，新腦皮層也已幾乎蓋住了大部分前腦的表面。
由此可見，在生命體內化和外化的不斷推動下，生命大腦逐漸走向高級，哺乳類使大腦發展到了一個較高的水平。但大腦的復雜化還需要進一步展開，這樣，宇宙在演化到7百萬年前的時候，生命體終于開始質躍為人類，并將主體程序質躍生物演化為最為高級的階段——意識。（待續）
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