我國加入WTO后，已按照WTO規則調整了有關政策，對外資企業實行國民待遇。但同時，我國對外資企業的各種超國民待遇仍在繼續執行。
目前，我國對外資企業實行多項減免稅政策，其中最主要的有兩項：
一是所得稅。外資企業名義稅率是15%，實際為11%；而內資企業名義稅率為33%，實際稅率為22%，國有大中型企業為30%。內資企業實際稅負要比外資企業高一倍或以上。
二是對外資企業在投資內進口的設備實行全免關稅和增值稅。
現在內外資企業所得稅統一問題已引起政府有關部門和社會各界重視，有望在適當時機獲得解決，但外資企業進口設備免稅問題尚未引起重視。這一優惠政策直接關系國內機電設備制造業的發展，繼續實行會產生三大負面影響：
首先，外資企業進口設備免稅，而內資企業要交稅，存在不平等競爭，影響內資企業發展。
外資企業在投資內進口的設備實行全免關稅和進口環節增值稅(簡稱增值稅)，必然使外資企業進口成本大大降低而提高了競爭力，同時也使國產機電設備與進口設備在競爭中處于不利地位。例如，與外資企業進口的一些加工中心、數控機床等設備相比，國內企業生產的產品在性能、質量方面并不差。只是由于進口產品既免交關稅又免交增值稅，而國內產品出廠要交增值稅，就形成兩者之間的不平等競爭。外資企業在投資內進口整機和零部件都可以免交關稅和增值稅，而我國內資企業研制開發高新技術產品需要進口的關鍵零部件卻要交納進口關稅和增值稅，使企業新產品開發處于不利地位。
第二，外資企業免交大量稅款，嚴重影響我國財政收入。
進口關稅和進口環節增值稅是我國財政收入的重要來源之一，對外資企業兩稅的減免已嚴重影響我國財政收入。據海關統計，全國外商投資企業在投資內進口設備，2003年為209.7億美元，2004年為312.02億美元，2005年為267.7億美元。按機電設備當年進口平均關稅加增值稅計算(不包括部分設備應交的消費稅)，2003年免稅金額約為500億元，2004年約為750億元，2005年約為604億元。
第三，外資企業享受補貼，其出口產品易被進口方采取反補貼措施。
按照世貿組織《補貼與反補貼協議》的規定，"本應征收的政府稅收的減免"屬于補貼，政府對部分企業的補貼屬于專向性補貼。這種補貼帶有歧視性，不符合世貿組織的公平貿易原則。如果受到補貼的企業出口的產品，世貿組織成員可向世貿組織提出起訴，或根據國內法可以采取反補貼措施，加征反補貼稅。
我國外資企業產品出口量很大，2003年為2403.3億美元，占全國出口總額的54.8%；2004年為3386.07億美元，占全國出口總額的57.06%；2005年為4442.09億美元，占全國出口總額的58.29%。這些企業享受我國政府對其進口設備的大量補貼，其出口產品如果使進口國相關產業受到損害時，很有可能引起反補貼調查，從而影響出口。例如，加拿大政府對我國出口的戶外燒烤架和鋼制緊固件進行了反補貼調查，認為我國政府有多項補貼，包括外資企業免稅補貼，初裁要加征16%的反補貼稅。
改革開放以來，我國對利用外資實行了多項優惠政策，促進了國際經濟技術合作和我國經濟結構的調整，對我國經濟發展發揮了重要作用，但也產生了以上所列的眾多負面影響。如果這種不公平競爭再繼續下去，必將制約內資企業的發展，對國家經濟安全也有不利的影響，現在應是到了該調整或取消這項優惠政策的時候了。
關于調整利用外資政策的方向，筆者建議對需要重點發展的產業給予優惠的政策，無論是外資還是內資。如對投資國家急需發展的高新技術產業、重大技術裝備和國家鼓勵發展的產業，以及投資落后貧困地區的企業，給予優惠政策，實行內外資企業同等待遇。
我國吸引外資，應主要依靠有吸引力的國內市場需求、我國勞動力的競爭優勢、完善的法律法規和良好的市場環境，而不是著重依靠大量的減免稅。這樣，有利于實行公平競爭，促進我國經濟建設的健康發展。
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